Lingkup penelitian di Institut Pertanian Bogor mencakup:

1. Pertanian meliputi tanaman pangan, holtikultura, perkebunan, perikanan kelautan, peternakan dan kehutanan.
2. Industri pertanian meliputi industri tanaman pangan, hortikultura, perkebunan, perikanan kelautan, peternakan dan kehutanan.
3. Lingkup industri pertanian yaitu industri hulu (primer), dan industri hilir (sekunder termasuk bioproses dn tersier yang menjadi penunjang keberlangsungan industri).

Penelitian di Institut Pertanian Bogor dilakukan dengan klaster/payung sebagai berikut:

1. Industri berbasis sumberdaya terbarukan
2. Ilmu hayati dan kesehatan
3. Ilmu pengetahuan/teknologi indigenous
4. Keamanan pangan dan ketahanan pangan
5. Rekayasa dan pemuliaan sumberdaya genetik
6. Konservasi dan lingkungan
7. Sosial, ekonomi dan budaya
8. Biofisik, mekanik dan peralatan
9. Manajemen dan teknologi informasi
10. Pembangunan regional dan pemberdayaan masyarakat